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Quelle a été votre inspiration pour entreprendre ce projet de recherche en particulier ? 

Mon intérêt pour ce projet de recherche est né de ma pratique clinique en gastroentérologie pédiatrique, au cours de laquelle j’ai été confrontée aux limites actuelles du suivi des enfants atteints d’œsophagite à éosinophiles. Cette pathologie chronique nécessite des endoscopies digestives répétées pour évaluer l’activité de la maladie, procédures invasives réalisées sous anesthésie générale chez l’enfant, avec un impact important sur la qualité de vie des patients et de leurs familles. L’identification de biomarqueurs non invasifs fiables constitue donc un enjeu clinique majeur. 

Parallèlement, mon parcours de formation en sciences, notamment au sein de l’unité MICALIS de l’INRAE, m’a conduite à m’intéresser au rôle du microbiome dans les maladies inflammatoires et allergiques digestives. De plus en plus de données suggèrent que le microbiote participe à la régulation de l’immunité locale, mais leur implication dans l’œsophagite à éosinophiles reste encore peu explorée, en particulier en pédiatrie. 

Le projet OesEDN s’est ainsi construit à l’interface entre ces deux constats : la nécessité clinique de développer des outils de suivi non invasifs, et l’opportunité scientifique d’intégrer l’étude du microbiote à une approche multi-omique associant biomarqueurs éosinophiliques, signatures immunologiques, allergologiques et métabolomiques. Cette approche translationnelle, menée au sein d’une collaboration étroite entre cliniciens et chercheurs spécialisés dans les interactions hôte-microbiotes, représente pour moi une opportunité de contribuer à une meilleure compréhension physiopathologique de la maladie tout en répondant à un besoin concret de la pratique pédiatrique. 

Comment le soutien de la Fondation Biocodex pour les Microbiotes contribuera-t-il au succès et à l’avancement de vos recherches ? 

Le soutien de la Fondation Biocodex pour les Microbiotes jouera un rôle déterminant dans la réalisation complète du projet OesEDN, en permettant d’assurer la continuité de mon travail doctoral et la réalisation des analyses dédiées à la caractérisation du microbiome. La caractérisation fine des communautés microbiennes, incluant le séquençage 16S/ITS et des analyses métagénomiques sur des échantillons sélectionnés, constitue un volet central du projet, nécessitant des ressources humaines et techniques importantes. Au-delà de l’aspect financier, le soutien d’une fondation engagée dans la recherche sur le microbiote représente un encouragement fort pour le développement d’approches translationnelles visant à mieux comprendre le rôle des communautés microbiennes dans les maladies allergiques et inflammatoires digestives de l’enfant. 

Quelles sont les implications de votre proposition de recherche dans le domaine du microbiome pour la santé humaine ? 

Ce projet s’inscrit dans le champ émergent de la médecine du microbiome, en explorant le rôle des communautés microbiennes dans une pathologie chronique dont l’incidence est en augmentation, l’œsophagite à éosinophiles. Les données actuellement disponibles suggèrent l’existence d’une dysbiose œsophagienne et salivaire chez ces patients, mais les liens entre microbiote, inflammation locale et activité de la maladie restent insuffisamment caractérisés, en particulier chez l’enfant. 

En combinant l’analyse des microbiotes œsophagien, salivaire et fécal à des données immunologiques, métabolomiques et cliniques, notre projet vise à identifier des signatures biologiques intégrées associées à l’infiltration éosinophilique œsophagienne. Une telle approche pourrait permettre d’identifier des mécanismes physiopathologiques impliqués dans l’initiation ou la persistance de la maladie. 

Les implications pour la santé humaine sont multiples. À court terme, l’identification de biomarqueurs non invasifs corrélés à l’activité de la maladie pourrait réduire le recours aux endoscopies répétées et améliorer le suivi des patients. À plus long terme, la mise en évidence de signatures microbiennes associées à l’inflammation pourrait ouvrir la voie à de nouvelles stratégies thérapeutiques ciblant le microbiote. Ainsi, ce projet contribue non seulement à améliorer la prise en charge de l’œsophagite à éosinophiles, mais également à enrichir les connaissances sur le rôle du microbiome dans les maladies inflammatoires et allergiques, avec des retombées potentielles plus larges pour la santé humaine.